Zur Versorgung der russischen Raumstation Mir startete am 16.07.1999 um 16:38 UTC eine Sojus-U 11A511U Rakete vom Kosmodrom Baikonur. Der Start hatte um rund zweieinhalb Tage verschoben werden müssen, da die kasachische Regierung nach dem Fehlstart einer Proton Rakete am 05.07.1999 ein totales Startverbot über das Kosmodrom verhängt hatte. Erst nachdem Rußland u.a. die ausstehende Pacht für das Startgelände in Höhe von 115 Mio. $ für das Jahr 1999 gezahlt hatte, wurden Starts anderer Raketentypen wieder freigegeben. Und so konnte das Transportraumschiff Progress M-42 mit seinen lebenswichtigen Gütern zur Raumstation starten. An Bord befanden sich rund 2.500 kg an wissenschaftlichen Geräten, Treibstoffen und Lebensmitteln. Aber auch eine Einrichtung, mit deren Hilfe das Flugleitzentrum nach der Rückkehr der nach damaligen Plänen letzten Mir Besatzung die Raumstation komplett vom Boden steuern konnte. Nach einem Routineanflug koppelte die Progress am 18.07.1999 um 17:53 UTC im automatischen Regime am Heck des „Kvant“ Moduls an. Hier verblieb das Schiff bis zum 02.02.2000 um 03:12 UTC. Nach der Zündung der Retrotriebwerke verglühte Progress M-42 am 02.02.2000 gegen 07:00 UTC über dem Pazifik.