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Knapp einen Tag nach dem Start von Progress M-​42  koppelte dessen Vorgänger am 17.07.1999 um 11:21 UTC vom „Kvant“ Modul der Raumstation Mir ab und machte den dortigen Kopplungsadapter frei. Nach einer Reihe kleinerer Bahnmanöver zündete dann um 19:00 UTC das Haupttriebwerk zur Einleitung des Wiedereintritts in die Atmosphäre. Gegen 19:45 UTC zerbrach das mit Abfällen und verschlissener Bordausrüstung beladene Transportraumschiff in der Atmosphäre und verglühte größtenteils. Sollten Trümmer den Wiedereintritt überstanden haben, stürzten sie in diesen Minuten in einem als „Raumschiff-​Friedhof“ bekannten Gebiet in den Südpazifik.