Einen Tag vor dem Start von Progress M-54 verließ dessen Vorgänger am 07.09.2005 die Raumstation. Beladen mit Abfällen und nicht mehr benötigten Ausrüstungsgegenständen koppelte Progress M-53 um 10:26 UTC Heck des „Swjesda“ Moduls ab. Drei Stunden später zündeten die Triebwerke für ein Retromanöver, das das Raumschiff über dem Pazifik zum Verglühen bringen sollte. Gegen 14:13 UTC hatte Progress M-53 dann tatsächlich aufgehört zu existieren.
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