Eine weitere Nachschubmission zur ISS startete am 15.10.2009 um 01:15 UTC vom kasachischen Kosmodrom Baikonur. Zum Start des Progress M-​03 M Raumschiffs kam die bewährte Sojus-​U 11A511U Rakete zum Einsatz. Die Frachtliste für die ISS-​35P Mission wies 790 kg Stückgut, 870 kg Treibstoff und 420 kg Wasser aus. Insgesamt 2.392 kg einschließlich Treibstoff. Für die Besatzung der Internationalen Raumstation bedeutete die Ankunft des Raumfrachters aber vor allem auch das Eintreffen einiger persönlicher Gegenstände und Nachrichten ihrer Familien sowie frischer Lebensmittel. Das Docking mit der ISS erfolgte am 18.10.2009 um 01:41 UTC am „Pirs“ Modul. Bis zum April 2010 blieb das Raumschiff hier verankert. Am 22.04.2010 um 16:33 UTC koppelte der inzwischen mit Abfällen und ausgedienten Gerätschaften beladene Transporter dann wieder von der ISS ab. Vor dem gesteuerten Wiedereintritt in die Atmosphäre wurden diesmal mit der Progress noch einige Experimente unternommen. Untersucht wurden im Rahmen der „Radar-​Progress“ Experimentenreihe die Auswirkungen von Triebwerkszündungen des Raumschiffs auf die umgebende Ionosphäre. Am 27.04.2010 um 18:05 UTC wurde aber mit einer letzten Zündung von knapp 169 s Dauer schließlich unwiderruflich der Wiedereintritt eingeleitet. Gegen 18:51 UTC verglühten die letzten Trümmer über dem zuvor ausgewiesenen entlegenen Gebiet des Pazifik bzw. stürzten dort ins Meer.