Ein neuerlicher Versuch, endlich den dritten Vanguard-​Satelliten auf eine Umlaufbahn zu bringen, schlug am 22.06.1959 fehl. Wie schon beim vorangegangenen Start versagte ein Druckminderer im Heliumdruckgassystem für die Treibstoff-​Förderung der Zweitstufe. Diesmal baute sich im Helium-​Vorratsbehälter ein Überdruck soweit auf, daß dieser schließlich 40 s nach der Triebwerkszündung platzte. Dennoch lief das Zweitstufentriebwerk weiter, wenn auch sehr instabil. Die Vanguard SLV-​6  Rakete ging auf eine ballistische Bahn über und stürzte schließlich in den Atlantik. Zuvor hatte sogar noch die Drittstufe gezündet.
Die Aufgabe des Vanguard 3 Satelliten hätte in der Messung der direkt von der Sonne einfallenden und der von der Erde reflektierten Strahlung sowie der Untersuchung der von der Erde emittierten langwelligen Strahlung bestanden. Daher auch die Projektbezeichnung „Radiation Balance Satellite“. Für diese Mission war eine Bahn mit der relativ hohen Inklination von 48° geplant.
Vor allem für Professor Verner Suomi, der das Hauptinstrument für den Satelliten entwickelt hatte, war der Fehlstart eine Enttäuschung. Doch schon einen Monat später flog eine weitere Variante seines „Radiation Balance Experiment“ auf dem nächsten Explorer Satelliten. Und wieder endete der Start mit einer Explosion! Erst die Wiederholung im Oktober 1959 war dann von Erfolg gekrönt. Das Experiment lieferte Meßdaten, die maßgeblich zum grundlegenden Verständnis großräumiger atmosphärischer Vorgänge beitrugen.