Nach einer knapp zweimonatigen Pause, in der technische Verbesserungen am Design der Discoverer Satelliten vorgenommen worden waren, fand am 04.02.1960 auf der Vandenberg AFB der Start von Discoverer IX statt. Diesmal erreichte der Satellit keine Umlaufbahn, weil die Druckbeaufschlagung der Agena Oberstufe der Thor-​DM18 Agena-​A verlorengegangen war. Doch wie die Telemetrie zeigte, hatte bereits die Erststufe 19 s (laut anderen Quellen 17 s) vorzeitig Brennschluß gehabt. Mindestens ebenso gravierend waren aber die Beschädigungen der Agena. Zu diesen war es gekommen, als sich beim Abheben die Tankanschlüsse nicht korrekt gelöst hatten. Der Verlust der Mission war besonders bedauerlich, da es die erste war, bei der der neue Film auf Polyesterbasis zum Einsatz kommen sollte. Die Ingenieure hatten dementsprechend große Hoffnungen auf das Unternehmen gesetzt, gingen sie doch davon aus, endlich eines der grundlegenden Probleme gelöst zu haben, das das CORONA Programm seit Monaten belastete. Bei einem erfolgreichen Start hätte die an der Agena-​Oberstufe montierte Transit-​On-​Discoverer (TOD 1) Nutzlast Tests für das in der Erprobung befindliche Transit Navigationssatellitensystem unternehmen sollen.