Discoverer XII war der erste CORONA Satellit, der im Juni 1960 nach einer weiteren zweimonatigen Zwangspause für gründlichere Ingenieurtests gestartet wurde. Der Satellit sollte im Orbit hauptsächlich Tests dienen und hatte keine aktuelle Aufklärungsmission. Die Thor-​DM18 Agena-​A mit dem Satelliten hob am 29.06.1960 zunächst perfekt von der Vandenberg AFB ab, womit die Thor als Startstufe ihre relative Zuverlässigkeit einmal mehr untermauerte. Wegen eines defekten Horizontsensors der Agena vollführte die Rakete aber nach der Stufentrennung einen Kopfstand. Daraufhin beschleunigte die Oberstufe den Satelliten in Richtung Erde und brachte ihn zum Absturz. Damit konnte das neue Kaltgas-​Spinsystem an der Landekapsel, das eine Explosion wie bei Discoverer XI verhindern sollte, nicht mehr erprobt werden. Das Pech blieb dem CORONA Programm scheinbar weiter treu.