NASA Administrator James E. Webb informierte am 12.06.1963 das für Raumfahrtaktivitäten zuständige Komitee des US Senats, daß es keinen weiteren bemannten Mercury Flug geben würde. Techniker der NASA und des Kapsel Herstellers McDonnell Aircraft waren überzeugt, daß noch erheblich längere Missionen als die 22 Orbits von Mercury MA-​9  möglich seien. Vorarbeiten an Kapsel #15 A hatten auch bereits begonnen. Ursprünglich war geplant gewesen, jeden der Mercury-​Astronauten zunächst einen ballistischen Raumflug unternehmen zu lassen, bevor er einen orbitalen Flug unternahm. Doch nur Alan Shepard und Virgil Grissom hatten letztlich einen solchen „Vorbereitungsflug“ unternommen. Während Grissom bereits intensiv für das Gemini Programm trainierte, hatte Shepard bis zum Sommer 1963 noch keine neue wichtige Aufgabe übertragen bekommen. Er, oder Gordon Cooper, der eben erst von seiner Mercury MA-​9  Mission zurückgekehrt war, waren die einzigen Astronauten, die kurzfristig in das Training für einen möglichen MA-​10  Flug einsteigen konnten. Wobei Shepard die weitaus logischere Wahl darstellte. Dessen Vertrauen auf die Gelegenheit zu einem weiteren Mercury Raumflug war so groß, daß er den Namen „Freedom 7-​II“ bereits auf die Kapsel hatte malen lassen. Seine Enttäuschung war entsprechend groß und er sprach sogar bei US Präsident John F. Kennedy vor, mit dem ihn eine Freundschaft verband. Doch angesichts der zu diesem Zeitpunkt für Ende 1964 geplanten Aufnahme bemannter Flüge mit Gemini Kapseln ließ sich Webb nicht umstimmen. Das Risiko, mit einem möglichen Fehlschlag alle folgenden Programme zu gefährden, war einfach zu groß. Stattdessen wurde Shepard als Kommandant der ersten Gemini-​Mission berufen und im November 1963 Chief of the Astronaut Office. Seinen Sitz in Gemini III verlor er zwar aus gesundheitlichen Gründen, doch 1971 landete er als Kommandant von Apollo 14 auf dem Mond.