Eigentlich sollte der abschließende Testflug einer Little Joe II Rakete innerhalb des Apollo Programms bereits am 18.12.1965 erfolgen. Doch Bedenken zur Flugtauglichkeit der Rakete führten dazu, daß der Start am 17.12.1965 ausgesetzt wurde. Eine Überprüfung der Rakete zeigte dann jedoch keine Mängel und so konnte der Testflug für den 18.01.1966 neu angesetzt werden. Die Wetterbedingungen in White Sands ließen einen Start an diesem Tag aber nicht zu, daher startete die Mission Apollo A-​104  erst am 20.01.1966. Ziel war die Demonstration der sicheren Funktion des LES in großer Höhe und unter Annahme des Szenarios einer Saturn Rakete, die sich unter vollem Schub zu überschlagen drohte. Und so stieg die Rakete bis auf 22.600 m Höhe, bevor ein sogenanntes „pitch-​up“ Manöver eingeleitet wurde. Das LES löste aus und die Kapsel wurde seitwärts aus der angenommenen Gefahrenzone gebracht. 34,6 km von der Startrampe entfernt landete die Kapsel sicher am Fallschirm. Erstmals handelte es sich dabei mit CSM-​002  um ein echtes Apollo Raumschiff aus der laufenden Produktion und nicht um ein Boiler Plate. Um das erheblich höhere Startgewicht auszugleichen, kamen fünf „Recruit“ und zwei „Algol“ Raketen in der ersten Stufe und zwei weitere „Algol“ in der zweiten Stufe der Little Joe II zum Einsatz.