Einen frustrierenden Fehlstart erlebte die NASA am 26.03.1987. Trotz dichter Wolkendecke startete an diesem Tag eine Atlas-G Centaur-D1AR von Cape Canaveral. Sie sollte mit FltSatCom 6 (FleetSatCom 6) einen weiteren Satelliten für die militärische Kommunikation von US Navy und USAF auf eine Synchronbahn befördern. Das zwischen 1978 und 1981 aufgebaute globale Netzwerk wurde seit 1986 einer Auffrischung unterzogen, da die ersten Satelliten ihre projektierte Lebensdauer von fünf Jahren bereits überschritten hatten. Bis zur Indienststellung modernerer Nachfolger war daher der Bau und Start von drei sogenannten Block-​II Satelliten beauftragt worden, die über ein zusätzliches experimentelles EHF Kommunikationspaket verfügten. Während FltSatCom 7 im Dezember 1986 problemlos seine Bahn erreicht hatte, war das Schicksal der Atlas-​G mit FltSatCom 6 nach 59 s Flug besiegelt, als diese abrupt vom vorprogrammierten Aufstiegskurs abwich. Einige Sekunden später brach die Rakete unter den extremen Belastungen auseinander und explodierte.
Die eingesetzte Untersuchungskommission kam der Ursache des Fehlstarts rasch auf die Spur. Kameras hatten 48,8 s nach dem Start einen Blitz gezeigt, der die Rakete beim Durchfliegen der Wolkendecke getroffen hatte. Was später auch Blitzmarken an den aufgefundenen Trümmern der Nutzlastverkleidung bestätigten. Zunächst schien dieses Ereignis folgenlos geblieben zu sein. Tatsächlich aber hatte der Einschlag die Programmierung der Digital Computer Unit (DCU) in der Centaur beschädigt, die auch den Kurs der Atlas Grundstufe steuerte. Zehn Sekunden nach dem Blitzeinschlag initiierte der Computer ein folgenschweres hartes Auslenken der Triebwerke. Dem Sicherheitsoffizier blieb nur, nach 70,7 s Flug das Kommando zur Selbstzerstörung an die außer Kontrolle geratene Rakete zu senden. Dieses erreichte die Rakete aber wohl schon nicht mehr, da sie zu dem Zeitpunkt bereits im Auseinanderbrechen begriffen war. Die Entscheidung der NASA (in deren Hand das Atlas-​Centaur Programm damals noch lag), die Rakete trotz der schwierigen Wetterbedingungen starten zu lassen, wurde später intensiv und kontrovers diskutiert. Das Militär verhehlte nicht sein Unverständnis dafür. Offenbar hatte man die Risiken eklatant unterschätzt. Nicht einmal über verwertbare Daten von meteorologischen Ballons hatte man vor dem Start verfügt, denn diese hatten die vorgesehene Höhe in dem Sturm nicht erreicht und vorzeitig aufgehört zu senden. Die meteorologischen Bedingungen spielen seither jedenfalls eine weitaus größere Rolle bei der Entscheidung über die Startfreigabe. Und das nicht nur bei der NASA, sondern auch bei Starts in Verantwortung des Militärs.