Das Versorgungsraumschiff Progress 41 startete am 16.03.1989 um 18:54 UTC mit einer Sojus-​U2 11A511U2 von Baikonur zur Raumstation Mir, wobei einmal mehr der K-36M.11F35  Schleudersitz für die Raumfähre Buran während des Aufstiegs getestet wurde. An Bord des Transporters befand sich Nachschub für die Besatzung der Raumstation, darunter das bulgarische Spektrometer Spektr 256. Zwei Tage später, am 18.03.1989 um 20:51 UTC koppelte Progress am Heck des „Kvant“ Moduls des Orbitalkomplexes an. Nachdem der Transporter entladen war, wurden seine Triebwerke genutzt, die Bahn der Station anzuheben. Zu diesem Zeitpunkt war bereits klar, daß die für April geplante Ablösung der Besatzung der Mir nicht stattfinden würde. Andauernde Verzögerungen bei der Fertigstellung weiterer Forschungsmodule erzwangen die Entscheidung, nach der Landung von Sojus TM-​7  die Mir für einige Monate zunächst unbemannt zu lassen. Ungewöhnlich offen hatten sowjetische Experten über die Schwierigkeiten und Verzögerungen berichtet, die zu der Entscheidung geführt hatten. Die nötigen Bahnmanöver erfolgten zwischen dem 09.04.1989 und 17.04.1989. Dabei wurde jedoch nahezu der gesamte Treibstoff von Progress 41 aufgebraucht. Daher war nach der Abkopplung von der Mir am 21.04.1989 um 01:46 UTC auch kein gezielter Wiedereintritt in die Atmosphäre möglich. Progress 41 trat am 25.04.1989 unkontrolliert in die Atmosphäre ein, verglühte aber glücklicherweise vollständig.