Zur Versorgung der Raumstation Mir startete am 28.02.1990 um 23:11 UTC eine Sojus-U2 11A511U2 Rakete vom Kosmodrom Baikonur. Sie brachte das Raumschiff Progress-M 3 auf eine Umlaufbahn, auf der sich dieses bis zum 03.03.1990 an den Orbitalkomplex annäherte. Das Docking erfolgte am 03.03.1990 um 01:05 UTC am „Kvant“ Nodul am Heck der Station.
Die Ankunft des Transportraumschiffs fiel in eine Phase angespannter Arbeit auf der Mir. Einerseits belastete der Zustand ihres beschädigten Raumschiffs die Kosmonauten. Andererseits verzögerte sich die Ankunft des neuen „Kristall“ Forschungsmoduls. Alle Manöver des Orbitalkomplxes mußten angesichts der asymmetrischen Konfiguration (mit nur einem 90° abgewinkelten großen Modul am Mehrfachkopplungsadpter) und unter Berücksichtigung der Sonneneinstrahlung auf das Sojus TM-9 Raumschiff geflogen werden. Zugleich hatte aber einer der großen Kreisel im „Kvant“ 2 Modul versagt, der solche Reorientierungs-Manöver ohne Triebwerkseinsatz unterstützte. Viel Arbeitszeit beanspruchte die Integration des neuen Saljut-5 B Bordcomputers in das Kontrollsystem der Station. Das Mir Basismodul war 1986 noch mit dem alten Argon 16 B Computer gestartet worden, der jedoch mit der Steuerung des zunehmend komplxeren Orbitalkomplxes überfordert war. Die Umstellung auf den neuen Computer im laufenden Betrieb bei Gewährleistung der vollen Interoperabilität erwies sich als Herausforderung, die man unterschätzt hatte. Etwas Abwechslung von dieser komplexen Aufgabe, der die Besatzung sogar ihre freien Wochenenden opferte, bot das Inkubator Experiment, bei dem Wachteleier in einem Brutapparat unter Mikrogravitationsbedingungen ausgebrütet wurden. Bald konnten die ersten Küken bewundert werden, deren Aufzucht sich die Kosmonauten widmeten. Trotz aller Bemühungen wurden die Küken aber schon nach wenigen Tagen immer schwächer und starben. Die Kosmonauten hatten von erkennbaren Schwierigkeiten berichtet, sich an die Schwerelosigkeit anzupassen.
Progress M-3 blieb bis zum 27.04.1990 an der Raumstation angekoppelt. Dann löste es sich um 20:24 UTC vom Kopplungsadapter und verglühte, beladen mit Abfällen, in der Atmosphäre.
