Ein Transportraumschiff mit Versorgungsgütern für die Raumstation Mir startete am 21.02.1993 um 18:32 UTC vom kasachischen Baikonur. Die Sojus-​U2 11A511U2 brachte Progress M-​16  auf eine vorläufige Umlaufbahn, von der aus sich das Raumschiff in den nächsten Tagen der Raumstation näherte. Die Ankopplung am „Kvant“ Modul erfolgte am 23.02.1993 um 20:18 UTC. Die Kosmonauten Gennadi Manakow und Alexander Poleschtschuk entluden an den folgenden Tagen die Versorgungsgüter und Experimente sowie übernahmen das Umpumpen der Treibstoffe. Insgesamt 2.598 kg Nachschub lieferte Progress M-​16  den Kosmonauten. Vor der Rückkehr zur Erde, beladen mit Abfällen und ausgedienten Experimenten, diente Progress M-​16  noch der Fortführung eines bereits mit Progress M-​15  begonnenen Telerobotik-​Experiments. Untersucht wurde die Steuerung des Raumschiffs durch die Kosmonauten an Bord der Raumstation. Dazu legte Progress M-​16  am 26.03.1993 um 06:50 UTC ab, vollführte unter Kontrolle der Kosmonauten einige Manöver und legte um 07:06 UTC wieder an. Einen Tag später, am 27.03.1992 um 04:24 UTC, koppelte Progress M-​16  dann endgültig ab und verglühte einige Stunden später planmäßig.