Fast auf den Tag genau sechs Monate nach seinem Start endete die Mission des Versorgungsraumschiffs Progress M-​54 . Am 22.02.2006 war der Progress-​Antrieb noch genutzt worden, um die Bahn des ISS Orbitalkomplexes um 3 km anzuheben. Alle darüberhinaus entbehrlichen Treibstoffvorräte waren in die Tanks der ISS umgepumpt worden. Beladen mit Abfällen koppelte am 03.03.2006 um 10:06 UTC Progress M-​54  schließlich von der ISS ab. Drei Stunden später zündete das Triebwerk für den gezielten Wiedereintritt. Planmäßig verglühten die Überreste von Progress M-​54  gegen 13:52 UTC in der Atmosphäre über einer entlegenen Region des Südpazifik.