Eine nahezu endlose Geschichte kam am 24.05.2006 zu einem glücklichen Ende, als eine Delta IV Medium+ (4,2) von Cape Canaveral abhob, und ihre Nutzlast, GOES-​N, auf eine geostationäre Transferbahn beförderte. Rund ein Jahr nach dem ursprünglich geplanten Termin hatte der Satellit damit seine Bahn erreicht. Die Rakete war sogar bereits im Februar 2005 auf Pad 37 B aufgerichtet worden. Doch Probleme mit den Batterien des Selbstzerstörungssystems, dem Steuerungscomputer und schließlich der Nutzlast selbst hatten dern Starttermin immer wieder verzögert. Der erste einer Serie von weiter verbesserten GOES Satelliten war endlich für einen Start am 24.06.2005 vorgesehen gewesen. Doch erst im August 2005 wurden tatsächlich zwei Startversuche unternommen, die aber beide abgebrochen werden mußten. Der erforderlich gewordene Austausch der Batterien des Selbstzerstörungssystems machte daraufhin einen Start vor Oktober 2005 unmöglich, da sich nach den eingetretenen Verzögerungen sonst der Satellit aufgrund der Bahnmechanik unmittelbar nach dem Start für längere Zeit im Erdschatten bewegt hätte. Das Risiko, die Inbetriebnahme von GOES 13 nur mit den Pufferbatterien zu unternehmen, wollte niemand eingehen. Im Herbst traten die Boeing Bodenmannschaften in einen monatelangen Streik ein. Als der Ausstand schließlich im Frühjahr 2006 beendet war, wurden auch die Startvorbereitungen an der Delta IV für GOES-​N wieder aufgenommen. Terminiert wurde der Start nun für den Mai 2006.
Die Satelliten GOES-​N bis GOES-​P verfügten über eine Instrumentierung, die weitgehend auf der der Vorgängermodelle aufbaute, vielfach aber substantielle Verbesserungen aufwies. Auch basierten die Satelliten jetzt auf dem BSS-​601  Bus von Boeing. Der Imager, das abbildende Hauptinstrument, wurde in der Auflösung durchgängig für alle Wellenbereiche, mit Ausnahme des sichtbaren Lichts, auf 4 km verbessert. Die Instrumentierung ließ weiterhin die Erstellung von Temperaturprofilen, die Ermittlung des Wasserdampfgehalts in der Atmosphäre, die Bestimmung der Ozonkonzentration, die Überwachung der Wolkenbedeckung, und die Bestimmung der Oberflächentemperatur am Boden und auf dem Meer zu. Das Datensammelsystem, das nun mit einer höheren Übertragungsrate arbeitete, empfing und übertrug die Meßdaten von mehr als 19.000 Meßstationen weltweit, darunter auch von Bojen des im Aufbau befindlichen pazifischen Tsunami-​Warnsystems. Weiter umfaßte die Ausstattung einen Transponder für das internationale KOSPAS-​SARSAT Such– und Rettungssystem und den sogenannten Space Environment Monitor (SEM). Letzterer bestand aus dem Energetic Particle Sensor (EPS), zwei Magnetometern und dem Solar X-​Ray Sensor (XRS). Diese Instrumente dienten der Frühwarnung vor besonders heftigen solaren Aktivitäten, ergänzten aber auch die Meßreihen verschiedener Forschungssatelliten.
Nach dem Erreichen der Synchronbahn wurde GOES 13 zunächst bei 105° West stationiert. Dort diente er als in-​Orbit-​Reserve für den Fall eines Defekts an einem der beiden aktiven GOES Satelliten (GOES-​West bei 135° West und GOES-​East bei 75° West). Erstmals übernahm GOES 13 im Dezember 2007 eine aktive Rolle im meteorologischen System der USA, als bei GOES 12 ein Treibstoffleck auftrat, das zu dessen Ausfall hätte führen können. Nachdem die Situation unter Kontrolle war, deaktivierte man GOES 13 aber wieder. Als GOES 12 im Mai 2009 erneut in Schwierigkeiten geriet, bereitete man GOES 13 darauf vor, die GOES-​East Position zu übernehmen. Das war zwar diesmal nicht notwendig, doch ein Jahr später löste GOES 13 seinen Vorgänger endgültig ab. Ab dem 12.09.2012 verschlechterte sich überraschend die Qualität der von GOES 13 übertragenen Bilder. Schließlich mußte der Satellit aus dem aktiven Dienst zurückgezogen werden. Vorübergehend übernahm GOES 15 seine Aufgaben, dann wurde jedoch GOES 14 auf die GOES-​East Position verschoben. Noch bevor dieser dort eintraf, hatten die Ingenieure das Problem mit GOES 13 aber verstanden und wenigstens teilweise kompensieren können. Ursächlich war die unerwartet schnelle Alterung eines Schmierstoffs im Antrieb des Filterrads für den Imager. Das führte zu Vibrationen, die die Bildqualität beeinträchtigten. U.a. durch eine stringentere Kontrolle der Temperaturen in diesem Bereich des Satelliten ließen sich diese Vibrationen aber deutlich verringern. Ab dem 18.10.2012 stand GOES 13 somit wieder im regulären Einsatz. Doch am 22.05.2013 geriet der Satellit vollkommen überrschend außer Kontrolle. Eine Analyse der Umstände des Zwischenfalls brachte das Ingenieurteam von NASA und NOAA zu der Erkenntnis, daß ein Mikrometeorid den Masten des Solarzellenauslegers von GOES 13 getroffen und den Satelliten aus der Bahn geworfen hatte. Während GOES 14 für eine Woche die Primärrolle auf der GOES-​East Position übernahm, wurde GOES 13 auf mögliche Schäden untersucht. Offenbar waren aber keine weiteren Schäden eingetreten, so daß die Systeme von GOES 13 ab dem 29.05.2013 wieder aktiviert und er Anfang Juni in den meteorologischen Routinedienst zurückkehren konnte. Trotz aller Probleme übertraf der Satellit schließlich alle Lebensdauererwartungen. Erst am 08.01.2018 wurde er deaktiviert — jedoch wohlweislich nicht auf einen Friedhofsorbit verschoben. 2019 meldete überraschend die USAF Interesse an dem Satelliten an und stellte ihn über dem Indischen Ozean als EWS-​G1  (Electro-​Optical Infrared Weather System — Geostationary) in Dienst. Weitere ausgemusterte GOES Satelliten sollten folgen. Während General Atomics an einem neuen meteorologischen Satelliten für die US Space Force arbeitete, bot diese Lösung dem Militär kurzfristig eine Lösung. Nach dem Ende des DMSP Programms und zwei vor allem wegen ausufernder Kosten eingestellten Projekten für einen Nachfolger (NPOESS — National Polar-​orbiting Operational Environmental Satellite System und DWSS — Defense Weather Satellite System) brauchte es unbedingt neue Kapazitäten.