Nach dem Vorbeiflug der New Horizons Raumsonde im Juli 2015 an Pluto, der sensationelle Bilder und Daten geliefert hatte, suchten die Wissenschaftler nach einer sinnvollen Folgemission. Wissenschaftlich betrachtet versprach ein weiterer Vorbeiflug an einem größeren Objekt des Kuipergürtels den größten Erkenntnisgewinn. Daher war unter Einsatz u.a. des Hubble Space Telescope bereits die Suche nach passenden Kandidaten aufgenommen worden. Die Wahl fiel schließlich auf das derart bereits am 26.06.2014 entdeckte Objekt 1110113Y. Indizien deuten später darauf hin, daß es sich in Wirklichkeit um ein Mehrfachsystem handelte. Der inzwischen provisorisch als (486958) 2014 MU₆₉  katalogisierte Kleinplanet erhielt, als Ergebnis eines Wettbewerbs, den inoffiziellen Namen „Ultima Thule“. Diesen offenbar langgestreckten oder gar binären Himmelskörper steuerte New Horizons zum Jahreswechsel 2018/19 an. Geplant war ein naher Vorbeiflug in etwa 3.500 km an dem auf etwa 30 bis 45 km geschätzten Objekt. Erste Aufnahmen von New Horizons aus großer Entfernung bestätigten, daß „Ultima Thule“ tatsächlich ein Kontakt-​System aus zwei Körpern war. Ursprünglich als „Schneemann“ (zwei annäherend kugelförmige Objekte unterschiedlicher Größe) beschrieben, mußte diese Ansicht revidiert werden, nachdem immer bessere Aufnahmen vom Vorbeiflug am 01.01.2019 auf der Erde eintrafen. „Ultima“, der größere Teil mit einem mittleren Durchmesser von 19,5 km, wurde nun als Pfannkuchen (Pancake) charakterisiert. Der kleinere „Thule“ (mittlerer Durchmesser 14,2 km) als „verbeulte Walnuß“. Aufgrund der geringen Datenrate bei der gewaltigen Entfernung zur Erde wurde die Übertragung der letzten Daten vom Vorbeiflug an „Ultima Thule“ allerdings erst gegen Ende 2020 erwartet. Nach dem Vorbeiflug erhielt „Ultima Thule“ auch eine offizielle Bezeichnung: (486958) Arrokoth. Obwohl der Zustand von New Horizons weiterhin als ausgezeichnet charakterisiert wurde und auch noch erhebliche Treibstoffvorräte verfügbar waren, war ein weiterer naher Vorbeiflug im Rahmen der Kuiper Belt Extended Mission (KEM) eher unwahrscheinlich. Jedenfalls war bis zur „Ultima Thule“ Passage kein weiterer geeigneter Kandidat entdeckt worden. Für einige Jahre wurden aber noch Meßdaten aus dem Kuipergürtel und darüber hinaus erwartet. Da sich jedoch keine geeigneten Beobachtungsobjekte im Kuipergürtel fanden, verschob sich der Fokus der Mission mehr auf die Heliosphärenphysik. 2023 wurde das Beobachtungsprogramm bis zum voraussichtlichen Verlassen des Kuipergürtels 2028/29 verlängert.