Mit einer Thor-​DM18 Able-​3  startete die NASA am 07.08.1959 von Cape Canaveral S-​2  bzw. Explorer VI, den Prototypen der später so erfolgreichen „Paddlewheel“ Strahlungsmeßsatelliten. Es war der erste Satellitenstart, den die NASA auch selbst ausführte. Die Ausrüstung von S-​2  umfaßte mehrere Strahlungsdetektoren (Ionisationskammer, Geiger– und Szintillationszähler). Um sich einen Überblick über die Ausdehnung der erst im Vorjahr entdeckten Strahlungsgürtel der Erde zu verschaffen, hatten die Wissenschaftler eine hochelliptische Bahn für den Satelliten gewählt. Aus Sorge, das Apogäum von 36.000 km könnte nicht erreicht werden, integrierte man in den Satelliten sogar noch ein kleines Feststofftriebwerk als „Kickstufe“. Tatsächlich wurden die Erwartungen an das Apogäum dann aber sogar übertroffen. Dafür lag das Perigäum besorgniserregend niedrig. Dem Satelliten gelang der Nachweis einer Art Ebbe und Flut in den irdischen Strahlungsgürteln. Außerdem konnten drei Strahlungsniveaus und ein Strahlungsgürtel noch innerhalb des inneren Van-​Allen-​Gürtels entdeckt werden. Daneben lieferte der Satellit aus dem Orbit am 14.08.1959 das erste Bild von Wolkenformationen in der Erdatmosphäre. Dazu war der Satellit mit einer Fernsehkamera ausgestattet, die Bildübertragung erfolgte elektronisch. Zwar war das gewonnene Bild wenig aussagekräftig, die NASA feierte das Experiment aber als bedeutenden Erfolg. Die Meßgeräte blieben nur bis zum 06.10.1959 aktiv. Obwohl die Solarzellenflächen nicht korrekt ausgeklappt werden konnten und somit nur 63% der projektierten Energie zur Verfügung stand, hatten die Experten mit einer längeren aktiven Lebensdauer gerechnet (erhofft hatten die Wissenschaftler Messungen über ein ganzes Jahr). Trotzdem war die Mission des für seine Zeit sehr komplexen Satelliten ein bedeutender wissenschaftlicher Erfolg.
Am 13.10.1959 wurde von einem Boeing B-​47  „Stratojet“ Bomber vor der Küste Floridas im Rahmen des streng geheimen Projekts „Bold Orion“ eine zweistufige Rakete ALBM (Air Launched Ballistic Missile) WS-​199 B auf Explorer VI abgefeuert. Die Rakete passierte den Satelliten in etwa 6 km Entfernung, was ausgereicht hätte, um ihn mit einem kleinen nuklearen Sprengkopf zu zerstören. Wenige Wochen zuvor, am 22.09.1959, war ein Antisatelliten-​Test mit einer WS-​199 C „High Virgo“, bei dem Explorer V als Ziel gedient hatte, gescheitert.