Mit dem Start einer Thor-​SLV2 A Agena-​D am 15.02.1964 von der Vandenberg AFB erfolgte die endgültige Ablösung des bisherigen KeyHole KH-​4  Kamerasystems der CORONA Satelliten durch die verbesserte J-​1  (JANUS) Dual-​Kamera-​Version (bekannter als KH-​4 A). Obwohl die Zielbahn wegen eines zu langsamen Brennschlusses nicht präzise erreicht worden war, erwies sich die Bildqualität bei dieser Mission als sehr gut und nur geringfügig durch Streulicht beeinträchtigt. Zwei sogenannte „Buckets“ (dt. Eimer) mit dem Filmmaterial wurden ausgestoßen und geborgen. Das war die erste Mission, bei der dies gelang. Bei den beiden vorangegangenen Flügen war jeweils nur die Abtrennung der ersten Kapsel gelungen. Die Reaktivierung der Bordsysteme nach einer längeren passiven Flugphase hatte sich hingegen als so problematisch erwiesen, daß ab dem dritten Start vorläufig auf den „Zombie“ Modus verzichtet wurde. Stattdessen wurden nun beide Kamerasysteme kontinuierlich betrieben, unterbrochen lediglich für die kurze Phase der ersten Kapselabtrennung. Das löste zwar nicht das grundsätzliche Problem, sicherte aber immerhin den Erfolg der Mission und steigerte insgesamt die Ausbeute. Bei CORONA-​J Mission 1004 konnten die Kapseln nach 49 bzw. 112 Erdumläufen am 18. und 22.02.1964 in der Luft abgefangen werden.
Die Agena-​D fungierte bei dieser Mission wieder als Träger einer AFTRACK Nutzlast — Mission 7222. Unter dem Codenamen LONG JOHN III sollte mit dieser Nutzlast die Bestimmung der Mittenfrequenz des sowjetischen HEN HOUSE Frühwarnradars vorangetrieben werden. Die ersten beiden LONG JOHN Missionen hatten bereits wertvolle Informationen geliefert. Zum Erfolg der LONG JOHN III Mission, die über die Rekorddauer von dreiundzwanzig Tagen Daten sammelte, gibt es widersprüchliche Berichte. Fest steht, daß der Datenrekorder ausfiel. Während einige Quellen aber angeben, daß dies praktisch unmittelbar nach dem Start geschah, verorten andere das Ereignis erst nach dem Ende der primären Mission. Die drei erfolgreichen Missionen des Programms hatten jedenfalls das Geheimnis des HEN HOUSE Radars gelöst.