Erstmals kam zum Start eines Zenit-​4 MK Fotoaufklärungssatelliten (Erzeugnis 11F692, Codename „Germes“) am 18.05.1973 statt der bisher eingesetzten Woschod 11A57  eine Sojus-​U 11A511U Rakete zum Einsatz. Diese neue „universelle“ Rakete löste in den nächsten Monaten allmählich sowohl die Woschod 11A57 als auch die Sojus 11A511 und Sojus-​M 11A511M ab und wurde zum bis heute am häufigsten eingesetzten Raketenmodell überhaupt. Die erste Rakete setzte nach dem Start von Plesetsk ihre Nutzlast auf der projektierten Bahn aus. Die Landekapsel von Kosmos 559 mit den hochauflösende Aufnahmen kehrte nach einem ungewöhnlich kurzen Flug von lediglich fünf Tagen zur Erde zurück. Damit endete die Mission etwa eine Woche früher als allgemein üblich. Zu den Gründen gibt es lediglich Spekulationen. Auffällig ist allerdings, daß bereits die vorangegangene Mission (Kosmos 556) nach nur neun Tagen geendet hatte.