Zur Versorgung der Besatzung der Raumstation Mir wurde am 02.04.1999 um 11:29 UTC vom Kosmodrom Baikonur eine Sojus-​U 11A511U Rakete mit dem Transportraumschiff Progress M-​41  gestartet. Neben den üblichen Versorgungsgütern befanden sich auch Materialien für den französischen Langzeitkosmonauten (Spationauten) Jean-Pierre Haigneré an Bord und als Besonderheit der kleine Amateurfunksatellit Sputnik 99, den Haigneré bei einem Außenbordmanöver von Hand aussetzen sollte. Nach einem zweitägigen Transferflug koppelte Progress M-​41  am 04.04.1999 um 12:47 UTC am „Kvant“ Modul des Orbitalkomplexes an und wurde an den folgenden Tagen von der Besatzung der Mir entladen.
Progress M-​41  koppelte am 17.07.1999 um 11:21 UTC wieder vom „Kvant“ Modul ab. Nach dem ersten Absetzmanöver folgte eine Serie von Bahnmanövern, die um 19:00 Uhr im finalen Retromanöver mündeten. Gegen 19:45 UTC endete am 17.07.1999 die Existenz des Raumschiffs.