Am 12.05.2002 ereignete sich auf dem Kosmodrom Baikonur ein tragisches Unglück, das sieben (nach anderen Quellen acht) Menschenleben kostete und unersetzliche Zeugnisse der sowjetischen Raumfahrt unwiederbringlich vernichtete. Seit geraumer Zeit liefen in Baikonur Instandhaltungs– und Umbauarbeiten an der gewaltigen Konstruktion des MIK auf Platz 112. Seit Ende der 1990^er Jahre hatte das Unternehmen Starsem hier einen Bereich für seine Nutzlastvorbereitung genutzt. Nun wollte auch der Hersteller der Sojus Raketen und vieler ihrere Nutzlasten, ZSKB-​Progress, seine Aktivitäten hier konzentrieren. U.a. die Installationen aus dem MIK 2 B standen vor der Verlagerung hierher. Ursprünglich war das MIK RN einst als Montage– und Testkomplex für die riesige N1-​L3 11A52  Rakete errichtet worden. Nach dem Abbruch des bemannten Mondprogramms fanden hier die Energija 11K25 und die Raumfähre „Buran“ eine Heimat. Nirgends sonst (mit Ausnahme der zugehörigen Installationen auf Platz 112 A) existierten in Baikonur Gebäude, in denen Objekte dieser Größe gehandhabt werden konnten. Und so blieben nach dem Abbruch des Energija-​Buran Programms dessen größte Artefakte hier eingelagert. Darunter Buran 1.01 (das einzige in den Weltraum geflogene Exemplar), ein nicht flugfähiges Modell der Energija-​Rakete, Raketenstufen, Tanks, Triebwerke u.a.m. Sie alle wurden zerstört, als an diesem Tag nahezu die komplette Deckenkonstruktion einbrach und alles unter sich begrub. Die 240×120 m große Deckenkonstruktion über den drei 56 m hohen Hallen 3, 4 und 5 zermalmte einen Großteil der Technik unter sich zu einem Trümmerhaufen, aus dem nur noch wenige identifizierbare Baugruppen geborgen werden konnten. Die Decke der niedrigeren Bucht 2 wurde teilweise von umstürzenden Wänden der benachbarten Bucht 3 eingerissen. Lediglich die äußerste Bucht 1 blieb weitgehend unversehrt.
Bei der Ursachenforschung für das Unglück wurden verschiedene Theorien verfolgt. So hatten Ende April/Anfang Mai 2002 mehrere leichte Erdbeben die Region erschüttert. Im Frühjahr registrierten die Meteorologen zudem heftigen Wind und extreme Niederschläge. Das seit Jahren undichte Hallendach war dann auch einer der Gründe für die laufenden Instandhaltungsarbeiten gewesen. Als entscheidend wurde aber die Tatsache erkannt, daß mehr als zehn Tonnen Baufolien-​Rollen zur Abdichtung des Dachs mitsamt bereits abgebrochenem Altmaterial in einem engen Bereich der Dachkonstruktion gelagert worden waren. Dazu kamen erhebliche Mengen an Wasser, mit denen sich das unter der Dachhaut liegende Isoliermaterial vollgesogen hatte. Frostschäden an der Stahbetonkonstruktion und Mängel bei der Bauausführung Jahrzehnte zuvor taten wohl ihr Übriges.
Die Schäden am MIK 112 blieben auf Jahre unrepariert. Lediglich die angrenzenden Starsem Installationen wurden gesichert und instandgesetzt. Und mit der Sojus-​U 11A511U für Progress M1-​10  wurde hier im Frühjahr 2003 auch erstmals eine Sojus-​Rakete auf ihren Start vorbereitet. Von den hohen Hallenteilen wurde nur derjenige rekonstruiert, der an die niedrigeren Hallenteile angrenzte.