Bereits seit Februar 2004 war der Start einer Zenit-​2 11K77  Rakete mit einer militärischen Nutzlast von Baikonur erwartet worden. Tatsächlich wurde die Rakete aber erst am 25.04.2004 nach Behebung einer Reihe technischer Probleme auf dem Startkomplex aufgerichtet. Wegen Problemen mit dem Betankungssystem auf Platz 45 kam es an diesem Tag jedoch zunächst zu einem mehrstündigen Aufschub und schließlich zu einer Neuansetzung für den Folgetag. Doch auch am 26.04.2004 verhinderten technische Probleme den Start. Offiziell verlautete, daß der Fehler bei der (ukrainischen) Rakete zu suchen war. Tatsächlich waren Probleme nicht unwahrscheinlich, handelte es sich doch um das letzte flugfähige Exemplar einer Zenit-​2  im Bestand des russischen Militärs. Ebenso war aber auch der Zustand der nur noch sporadisch genutzen Startanlagen nicht gerade gut. Jedenfalls wurde der Start auf unbestimmte Zeit verschoben. Am 10.06.2004 war es dann endlich soweit. Die Rakete mit ihrer geheimen militärischen Nutzlast hob ab und setzte den Satelliten in rund 850 km Höhe aus. Für informierte Beobachter gab es keine Zweifel, daß es sich bei Kosmos 2406 um einen funkelektronischen Aufklärungssatelliten des Typs Zelina-​2  (Erzeugnis 11F644) handelte. Da sowohl die Rakete als auch der Satellit aus dem KB Juschnoje in der inzwischen unabhängigen Ukraine stammten, wurden nach dem Ende der Sowjetunion nur noch wenige solche Aufklärungsmissionen geflogen. Diese stellte sich später als die vorletzte heraus. 2007 endete die Serie mit einem allerletzten Zelina-​2  Satelliten, der auf einer Zenit-​2 M gestartet wurde, einer Rakete, bei der einige Baugruppen gegen solche aus russischer Produktion ersetzt worden waren. Sie blieb ein Einzelexemplar.